Champignons résistants aux antifongiques : la menace que personne ne voit venir

On parle beaucoup, depuis des années, de la résistance aux antibiotiques. Beaucoup moins de sa cousine tout aussi inquiétante : la résistance aux antifongiques. C'est justement pour combler ce silence qu'une cinquantaine de spécialistes internationaux de mycologie médicale ont publié, en avril 2026, une tribune dans la prestigieuse revue Nature Medicine pour alerter sur la progression des champignons résistants aux antifongiques, une menace que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) elle-même qualifie désormais de prioritaire — sans que le grand public en ait vraiment conscience.

Ce que l'on sait précisément

La tribune, relayée notamment par Jean-Pierre Gangneux, chef du service de Parasitologie-Mycologie du CHU de Rennes, dresse un constat sans ambiguïté : la résistance aux antifongiques progresse et menace l'efficacité des traitements de première intention contre des infections fongiques invasives qui touchent chaque année 6,5 millions de personnes dans le monde. Trois pathogènes concentrent l'essentiel des inquiétudes des cliniciens :

• Candida auris, une levure microscopique identifiée pour la première fois en 2009 au Japon, désormais présente en Corée du Sud, en Inde, en Chine, en Colombie, au Venezuela, aux États-Unis, au Canada et en Europe ;
• Aspergillus fumigatus, un champignon filamenteux à l'origine d'infections respiratoires graves chez les patients immunodéprimés ;
• Trichophyton indotineae, responsable d'infections cutanées difficiles à traiter, notamment résistant à la terbinafine.

Candida auris illustre particulièrement bien l'ampleur du problème : environ 90 % de ses souches sont résistantes à au moins un antifongique, et 30 % résistent à trois classes de médicaments ou plus — fluconazole, amphotéricine B, échinocandines. Une fois dans le sang, le taux de mortalité associé grimpe entre 30 % et 57 % selon les études.

Aux États-Unis, 587 cas ont été documentés depuis 2013, dont 309 rien qu'à New York. En Europe, 620 infections ont été recensées entre 2013 et 2017 dans six pays, la majorité en Espagne et au Royaume-Uni, avec seulement deux cas rapportés en France sur cette période — un chiffre qui a nettement augmenté depuis.

Les chiffres clés à retenir

• 6,5 millions de personnes touchées chaque année par des infections fongiques invasives dans le monde ;
• 3 grandes classes d'antifongiques disponibles pour l'être humain, contre des dizaines de classes d'antibiotiques ;
• 1 seule classe (les azolés) dispose d'une option administrable par voie orale, ce qui limite fortement les alternatives thérapeutiques en cas de résistance ;
• 90 % des souches de Candida auris résistantes à au moins un traitement ;
• ~700 000 décès annuels liés à l'antibiorésistance bactérienne, un ordre de grandeur comparable auquel les experts craignent de voir converger la résistance fongique si rien n'est fait.

Comment ça marche : pourquoi les champignons résistent de plus en plus

Contrairement aux bactéries, les champignons partagent avec les cellules humaines une structure biologique beaucoup plus proche — ce qui rend la mise au point de nouveaux antifongiques particulièrement difficile : un traitement trop agressif contre le champignon risque d'être toxique pour le patient. C'est cette contrainte biologique fondamentale qui explique le nombre extrêmement limité de classes thérapeutiques disponibles, contrairement à l'arsenal antibiotique.

La tribune de Nature Medicine pointe aussi un facteur souvent ignoré : l'usage massif de fongicides agricoles. Ces produits, employés à grande échelle pour protéger les cultures, exercent une pression de sélection qui favorise l'apparition de résistances croisées chez des champignons présents dans l'environnement — ces derniers pouvant ensuite infecter l'humain avec une résistance déjà acquise avant même tout contact avec un médicament. Le changement climatique aggrave le phénomène : des températures plus élevées favorisent l'adaptation de certains champignons à la chaleur corporelle humaine, un obstacle biologique qui protégeait historiquement l'espèce humaine contre la majorité des infections fongiques.

Les populations les plus vulnérables sont les patients immunodéprimés (chimiothérapie, greffe, VIH avancé) et les patients post-opératoires, chez qui le champignon peut coloniser le sang via une plaie, l'oreille ou les voies urinaires, provoquant fièvre, courbatures et fatigue — des symptômes légers chez une personne en bonne santé, mais potentiellement mortels chez un patient fragile.

Les recommandations et les zones d'ombre

La tribune internationale propose cinq axes d'action prioritaires :

• Sensibilisation et formation des professionnels de santé, souvent peu formés à la mycologie ;
• Surveillance et recherche épidémiologique renforcées, ce volet étant aujourd'hui largement sous-financé comparé à la surveillance de l'antibiorésistance ;
• Prévention de la transmission en milieu hospitalier, Candida auris pouvant contaminer des surfaces et rester infectieux pendant des mois malgré les mesures d'hygiène classiques ;
• Bon usage des antifongiques existants pour limiter la pression de sélection ;
• Investissement dans l'innovation thérapeutique, très en retard par rapport à la recherche antibactérienne.

La principale zone d'ombre reste le manque criant de données comparatives fiables : contrairement à l'antibiorésistance, suivie par des réseaux de surveillance internationaux bien établis, la résistance fongique souffre d'un sous-diagnostic généralisé — de nombreux laboratoires, y compris dans des pays développés, ne disposent pas des outils pour identifier précisément les souches résistantes, ce qui rend les chiffres actuels probablement sous-estimés.

Ce qu'il faut retenir

La résistance aux antifongiques n'est pas un scénario de science-fiction : c'est une réalité clinique documentée, qui progresse discrètement depuis quinze ans dans l'angle mort des politiques de santé publique mondiales. Avec seulement trois classes de traitements disponibles contre des dizaines pour les bactéries, la marge de manœuvre médicale est structurellement plus étroite — ce qui rend chaque nouvelle résistance d'autant plus critique. Les experts appellent désormais à traiter ce sujet avec la même urgence politique que l'antibiorésistance, avant que le nombre de cas ne rattrape, voire ne dépasse, celui des infections bactériennes multirésistantes. Comprendre ces mécanismes, aussi techniques soient-ils, fait partie des enjeux scientifiques que la vulgarisation doit rendre accessibles au plus grand nombre — une mission à laquelle des plateformes pédagogiques comme UniversalSchool, organisées par compétences et illustrées pas à pas, peuvent contribuer.